El directorio /usr es el directorio principal de almacenamiento de las aplicaciones. Todos los archivos binarios en este directorio no deben ser necesarios para el arranque o mantenimiento del sistema, ya que por lo general, la jerarquía /usr está en un sistema de archivos separado. Debido a que su tamaño es generalmente grande, /usr tiene su propia jerarquía de subdirectorios. Mencionaremos sólo algunos:
/usr/X11R6: toda la jerarquía de X Window System. Todos los binarios necesarios para la operación de X (incluyendo los servidores X) y todas las bibliotecas necesarias se deben ubicar aquí. El directorio /usr/X11R6/lib/X11 contiene todos los aspectos de la configuración de X que no varían de una máquina a otra. Las configuraciones específicas de cada computadora deberían ir en /etc/X11.
/usr/bin: este directorio contiene la gran mayoría de los programas binarios del sistema. Cualquier programa binario que no sea necesario para el mantenimiento del sistema y no es un programa de administración del sistema se debe ubicar en este directorio, excepto los programas que instale Usted mismo, que se deben ubicar en /usr/local.
/usr/lib: este directorio contiene todas las bibliotecas necesarias para emplear los programas ubicados en /usr/bin y /usr/sbin. También hay un vínculo simbólico /usr/lib/X11 que apunta al directorio que contiene las bibliotecas de X Window System, /usr/X11R6/lib (si X está instalado, por supuesto)
/usr/local: este es el directorio donde debería instalar sus aplicaciones personales. El programa de instalación habrá creado la jerarquía necesaria: lib/, bin/, etc.
/usr/share: este directorio contiene todos los datos independientes de la arquitectura que necesitan las aplicaciones de /usr. Entre otras cosas, Usted encontrará la información de la zona y la localización (zoneinfo y locale)
También mencionaremos los directorios /usr/share/doc y /usr/share/man que contienen, respectivamente, la documentación de las aplicaciones y las páginas Man del sistema.