Il problema è che tutti i sistemi operativi installati devono dividersi il disco e poiché all'avvio il BIOS legge solo il primo, ci deve essere una cosiddetta "partition table" (tabella delle partizioni) all'inizio di questo disco. Questa tabella delle partizioni è posta nel Master Boot Record (MBR),fianco a fianco col boot loader.
Qualunque uso sbagliato dell'MBR da parte di qualcuno dei sistemi operativi porta a problemi. Quando provi ad installare qualche sistema, la risposta affermativa a domande tipo "partizionamento automatico?" probabilmente creerà guai... Questo è particolarmente vero con Windows, specialmente per le installazioni personalizzate fatte da speciali costruttori di PC (quando non è fornito nessun CD di Windows vero e proprio). Ma vale anche per i nuovi programmi di installazione "intelligenti" (mica tanto!) di Linux forniti con le distribuzioni più recenti.